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JFlap kennt nur die Kopfbewegungen Left, Right und Stay (keine Bewegung). Einen Stopp-Befehl gibt es nicht, er lässt sich durch den Übergang in einen Endzustand simulieren. JFlap-Turing-Maschinen beginnen ihre Arbeit grundsätzlich beim ersten Zeichen einer Eingabe. Das Leerzeichen lässt sich nicht eingeben, d.h. als Trennzeichen muss ein anderes Zeichen etwa # verwendet werden.
Viele Aufgaben lassen sich durch Kombination von Turing-Maschinen lösen. So könnte die Ganzzahldivision durch 2 einer Unärzahl in den Schritten
ablaufen. JFlap unterstützt die Kombination von Automaten durch den Befehl Combine Automata, den man unter Convert findet. Damit eine passende Auswahl entsteht, muss man vorher die zu kombinierenden Automaten geladen haben.
Anfangszustand: Beide Operanden stehen durch '#' getrennt auf dem Band. Der Kopf steht am Anfang des ersten Operanden.
Endzustand: Das Ergebnis steht durch ein Leerzeichen getrennt hinter den Operanden. Der Kopf steht auf dem ersten Zeichen des Ergebnisses.
