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Im Bonsai-Computer ist es möglich, Daten über Kippschalter einzugeben. Diese Eingabe muss über eine Steuerleitung aktiviert werden.
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Der Bonsai-Computer verfügt über einen Taktgeber für Dauertakt und einen Taster für Einzeltakt.
Wie jede reale Maschine verfügt auch der Bonsai-Computer über eine Power-On-Reset-Logik, die nach dem Einschalten für eine stabile Initalisierung sorgt. Eine Besonderheit des Bonsai-Computers ist die Möglichkeit, das Steuerwerk inaktiv zu schalten und den Rechner im 'Handbetrieb' zu benutzen.